Zatímco první zmínky o obci Babice pocházejí již z r. 1228, historie zdejší školy se začala psát mnohem později. Základní škola se v historických pramenech poprvé objevila v r. 1807.
Současná budova školy byla postavena v letech 1891 – 1892 za přispění sponzorů, jejichž seznam je dodnes uchovaný na pamětní mramorové desce.
Ještě v roce 1850 se vyučovalo česky i německy, ale během padesáti následujících let pokročilo splynutí českého obyvatelstva s německým natolik, že v roce 1900 bylo z 500 obyvatel jen 9 českých, a proto se vyučovalo jen německy.
Vzájemné soužití českého a německého obyvatelstva se po první světové válce nevyvíjelo dobře a i mezi mládeží docházelo k útokům a bitkám. Čeští občané se proto rozhodli vyřešit komplikovanou situaci stavbou vlastní školy. I přes odpor německých občanů dokázali osobní návštěvou u ministra školství dne 29. 9. 1926 vyřídit úřední povolení ke zřízení české školy. Slavnostní otevření menšinové obecní školy a mateřské školy se uskutečnilo 20. 6. 1930. Po zabrání Babic do pohraničního pásma Sudet byla česká menšinová škola zavřena. Dnes slouží tato budova č. p. 65 jako mateřská škola a kancelář Obecního úřadu.
Po osvobození r. 1945 se čeští žáci a učitelé vrátili do zpustošené německé školní budovy. Škola byla postupně opravována až do roku 1971, kdy byla dokončena generální oprava, zřízeno ústřední topení, nové záchody, dlažba na chodbách a celková fasáda. Později byly učebny vybaveny zařízením pro používání audiovizuálních pomůcek.
V r. 1982 byla zřízena školní družina s podáváním obědů a v r. 1994 se uvolněný školní byt přestavěl na školní jídelnu a malou tělocvičnu. Škola se snaží jít s moderní dobou, a proto byla v r. 2002 vybudována odborná počítačová pracovna.
Podrobněji se historií založení a vzniku základní školy v Babicích věnuje Karel Dvořák (ředitel školy v letech 1971 – 1988) a pan Josef Valoušek v brožuře vydané v červnu 1992 ke 100. výročí založení školy.
Od svého vzniku prošla škola několika rekonstrukcemi. Ta nejrozsáhlejší byla financována z fondu SZIF a příspěvků obce Babice v letech 2009 – 2010. Budova byla zateplena, osazena novými plastovými okny, byla vyměněna střecha. V přízemí vznikla malá tělocvična a byla zbudována výdejna obědů s jídelnou žáků tak, aby odpovídala přísným hygienickým normám EU. V patře byla renovována sociální zařízení. Z dříve nevyužitých půdních prostor vznikly dvě odborné učebny.
Základní škola a Mateřská škola Babice, příspěvková organizace vznikla v roce 2003 jako malotřídní škola se dvěma spojenými ročníky. Od školního roku 2005/2006 byla rozšířena o 5. ročník, tak, aby zde žáci mohli dokončit celý první stupeň základní školy. Součástí školy je školní družina, školní jídelna – výdejna a mateřská škola, která má své odloučené pracoviště vzdálené od hlavní budovy cca 150 metrů. Zřizovatelem organizace je obec Babice. Velkou výhodou je malý počet žáků ve třídách, který umožňuje respektování individuálního přístupu k žákům, k pohodě přispívá i rodinná atmosféra a venkovské prostředí. V malotřídní škole lze také daleko lépe uhlídat začínající projevy nevhodného chování dětí vůči svému okolí i vůči sobě navzájem.
Od svého vzniku prošla škola několika rekonstrukcemi. Ta nejrozsáhlejší byla financována z fondu SZIF a příspěvků obce Babice v letech 2009 – 2010. Rekonstrukci provedla firma SAN-JV. Budova byla zateplena, osazena novými plastovými okny, byla vyměněna střecha. V přízemí vznikla malá tělocvična a byla zbudována výdejna obědů s jídelnou žáků tak, aby odpovídala přísným hygienickým normám EU. V patře byla renovována sociální zařízení. Z dříve nevyužitých půdních prostor vznikly dvě odborné učebny.
Rekonstrukce ZŠ Babice byla dokončena v roce 2010. Stavební obnova základní školy v Babicích včetně venkovních hřišť je spolufinancován evropskou unií z evropského zemědělského fondu pro rozvoj venkova v rámci opatření č. 08/005/2312a/671/001102 Veřejná zakázka zpracování na základě poskytnutí dotace z Programu rozvoje venkova ČR.
Žákům základních škol se od středy 14. 10. 2020 ZAKAZUJE osobní přítomnost ve škole, a to až do 1. listopadu. V pondělí 12. 10. 2020 večer o tom rozhodla vláda. Opatření mají zlepšit epidemiologickou situaci v České republice. Výuka bude probíhat distančně, na dálku. Pouze mateřské školy zůstanou v běžném provozu.